世界中で大絶賛されたSFストップモーションアニメ『JUNK HEAD』の続編。前作から1042年前の世界を舞台に、人工生命体マリガンのクローンが地下世界を支配したことにより、地下世界の異変を探るために結成された調査チームが、カルト教団“ギュラ教”と戦いながら、地下世界の謎と異変の正体を解き明かしていく。監督は堀貴秀。