浅野いにおによる同名コミックを映画化した2部作の後章。入試に合格し、亜衣や凛と同じ大学に通うことになった門出と凰蘭。大学では竹本ふたば、田井沼マコトと意気投合、 会長の尾城先輩がいるオカルト研究部に入部してキャンパスライフが始まった。一方、宇宙からの〈侵略者〉は東京のそこかしこで目撃され、自衛隊は無慈悲な駆除活動を粛々と実行していた。上空には、傾いて煙が立ち上る母艦。政府転覆を狙い〈侵略者〉狩りを続ける過激派グループ・青共闘の暗躍。世界の終わりに向かうカウントダウンが刻まれる中、凰蘭は、またもあの不思議な少年・大葉に遭遇する......。