黒柳徹子が約80年前、第二次世界大戦が終わる少し前の激動の時代を背景に、自身の幼少期を自伝的に描いた「窓ぎわのトットちゃん」が、アニメーションで初の映画化。 落ち着きがないことを理由に、小学校を退学になってしまったトットちゃん。新しく通うことになったトモエ学園の校長先生は、出会ったばかりのトットちゃんに優しく語りかけた。「君は、ほんとうは、いい子なんだよ。」トットちゃんの元気いっぱい、すべてが初めてだらけの日々が始まるー。